店舗と住居では税金や融資の扱いが異なるため、切り離して考える必要があります。よって、基本的には会社投資としてはみなされません。

その上で、店舗のリフォーム予定部分を所有しているのは誰なのかを考慮する必要があります。
会社名義の場合、例えば社宅として賃貸にするならば、会社の費用にはなります。
個人名義の場合、「住居にする」ということなので、やはり会社投資にはなりません。