転勤が長期間になる、または戻るかどうかわからないという場合は、売却を検討するのが得策です。今後、よほど立地が良い場所以外は不動産価格は下落すると見られ、特に売却したお金で住宅ローンを完済できる方は少しでも早く売却するのがお勧め。固定資産税や管理費・修繕積立金（マンションの場合）などの負担がなくなることもメリットです。

転勤の期間が決まっていたり、転勤が終われば必ず戻って住みたい場合、また、売却したくても売却価格より住宅ローンの残債の方が大きく預貯金等で補えない場合などは「他の人に貸す」という選択肢もあります。この場合の注意点は２つ。収支の見込みをしっかり把握することと、戻った時にすぐに住めるような契約にしておくことです。
賃貸に出す場合は家賃収入を得られますが、住宅ローンが残っていれば収入の大半がその支払いに消えることも多く、また、借り手がつかなければ、月々の支払い分がそのままマイナスになることもあります。さらに、固定資産税や管理費・修繕積立金（マンションの場合）が発生し、自分が住んでいないので住宅ローン控除も受けられません。ただし、建物の減価償却、租税公課や住宅ローンの利息分、管理費、修繕費などは、必要経費として、確定申告をすることで、会社員など給与所得を得ている場合は所得から差し引くことができることは税金面におけるメリットです。
また、転勤が終了したら、入居者に退去してもらい、すぐに住めるようにするためには契約時に普通借家契約ではなく定期借家契約をしておくと良いでしょう。ただし、その場合、賃貸期間をあらかじめ区切るため、期間の定めがなく借り手に有利な契約に比べ、賃料を低く設定するのが一般的です。

転勤期間が短く、確実に戻ることが決まっている場合には、そのまま空き家にしておくのもひとつの方法です。その場合、人が住まなくなった住宅は劣化の進み具合も早いため、空き家管理サービスを利用するなどして、定期的な通風・通水・清掃などのメンテナンスを行うことが重要となります。

転勤で転居した場合は、その後の住宅ローン控除は受けられなくなるのが原則です。例外的に、単身赴任の場合は、残された家族が住み続けていれば住宅ローン控除を受け続けることができます（海外への単身赴任の場合は不可）。また、転勤で転居しても、再びマイホームに戻ってきた時に控除期間が残っていれば、住宅ローン控除は復活します（再適用条件あり）。